1) La Logia, unidad de base.

Los francmasones del Gran Oriente de la Francmasonería Mixta Universal se agrupan en entidades de trabajo y participación que se llaman Logias o Talleres, conformados por, al menos, siete masones.
Estos Talleres son la organización básica de la Francmasonería Universal. Tienen sus propias autoridades y administran sus actividades.
Anualmente, antes del Solsticio de Verano en el Hemisferio Sur (mes de diciembre), y antes del receso de verano, estos Talleres eligen sus autoridades logiales para el siguiente año masónico, las comisiones que tendrán, y sus Delegados a la Gran Asamblea.
 

2) Gran Asamblea

a Gran Asamblea es la máxima autoridad del Gran Oriente de la Francmasonería Mixta Universal. Esta integrada por los Delegados (diputados) de los Talleres. Tiene funciones legislativas y constitucionales.
La Gran Asamblea se reúne de manera ordinaria una vez al año, antes del Solsticio de Verano (diciembre).
Ella elige al Gran Maestro (Presidente del GOFMU) y el Consejo de la Orden (Comisión Directiva), por voto secreto, que conforman el Poder Ejecutivo del GOFMU para el siguiente año masónico.
Elige también los organismos de control: Comisión Electoral y Comisión Fiscal (comisaría de cuentas).
Elige, por último, el Poder Judicial del GOFMU: la Cámara de Justicia Masónica.
Todos los cargos electos tienen una duración de un año. Se puede ser reelegido en un mismo cargo a lo máximo dos veces más. Para volver a ser electo, deberá pasarse al menos un período sin ocupar el mismo cargo.
 

3) Consejo de la Orden

Esta integrado por siete miembros, distribuidos de la siguiente manera:
Gran Maestro
Primer Vice Gran Maestro
Segundo Vice Gran Maestro
Gran Orador
Gran Secretario
Gran Tesorero
Gran Hospitalario
 

4) Otros Organismos

Dos otros organismos están integrados a la estructura orgánica del GOFMU:

• La Cámara de Venerables Maestros y Ex Venerables Maestros, que reúne a los presidentes de los Talleres en actividad, como a aquellos que lo han sido en alguna oportunidad. No tiene capacidad resolutiva pero puede actuar como cuerpo asesor a solicitud del Gran Maestro.
• El Gran Colegio de Ritos, que administra los Altos Grados.